[  etch  ] [  etch-m68k  ] [  lenny  ] [  squeeze  ] [  sid  ]
[ Source: boxshade  ]

Package: boxshade (3.3.1-4)

Pěkný tisk vícesekvenčních uspořádání

Boxshade je program sloužící k vytváření pěkně vypadajících tiskových sestav z různých uspořádání proteinů a sekvencí DNA. Program neřeší vlastní uspořádání a vyžaduje vstupní soubor, který je vytvořen tímto programem či ručně upraven příslušnými nástroji.

Boxshade čte sekvenční uspořádání ze souborů PILEUP-MSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED-data a ESEE-save (omezených na maximálně 150 sekvencí s maximálně 10000 položkami). Program umí různá stínování na stejné/podobné zbytky. Výstup je možno zobrazovat na obrazovce ve formátech: ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT a HTML.

Tags: Biology: Clustal/ALN, Nucleic Acids, Proteins, Software Development: Prettyprint, Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: C, User Interface: Command Line, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: Typesetting, Supports Format: HTML, Hypertext Markup Language, Plain Text, PostScript, TeX and LaTeX

Other Packages Related to boxshade

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc0.1 (>= 2.3) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.1-udeb
  • dep: libc0.3 (>= 2.7-1) [hurd-i386]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc0.3-udeb
  • dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]
    dep: libc6 (>= 2.7-1) [not alpha, avr32, hurd-i386, ia64, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k]
  • dep: libc6.1 (>= 2.7-1) [alpha, ia64]
    Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
    also a virtual package provided by libc6.1-udeb
  • sug: kalign
    Global and progressive multiple sequence alignment
    or clustalw
    global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
    or mafft
    Program pro uspořádání aminokyselin a sekvencí nukleotidů
    or hmmer
    Markovy modely pro analýzu proteinových sekvencí
  • sug: seaview
    Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny
  • sug: texlive-latex-extra
    TeX Live: LaTeX supplementary packages
  • sug: xfig
    Prostředek pro interaktivní generování obrázků pod X11

Download boxshade

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
alpha 55.0 kB268 kB [list of files]
amd64 51.8 kB244 kB [list of files]
armel 52.7 kB244 kB [list of files]
avr32 (unofficial port) 50.6 kB244 kB [list of files]
hppa 53.7 kB252 kB [list of files]
hurd-i386 45.2 kB228 kB [list of files]
i386 45.8 kB172 kB [list of files]
ia64 66.7 kB336 kB [list of files]
kfreebsd-amd64 51.8 kB170 kB [list of files]
kfreebsd-i386 45.3 kB158 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 42.4 kB228 kB [list of files]
mips 52.3 kB280 kB [list of files]
mipsel 52.4 kB280 kB [list of files]
powerpc 51.1 kB248 kB [list of files]
s390 53.0 kB248 kB [list of files]
sparc 49.2 kB240 kB [list of files]