Пакет: ncbi-epcr (2.3.12-1-9 и други)

[ Източник: epcr  ]

Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites

Electronic PCR (e-PCR) is computational procedure that is used to identify sequence tagged sites(STSs), within DNA sequences. e-PCR looks for potential STSs in DNA sequences by searching for subsequences that closely match the PCR primers and have the correct order, orientation, and spacing that could represent the PCR primers used to generate known STSs.

The new version of e-PCR implements a fuzzy matching strategy. To reduce likelihood that a true STS will be missed due to mismatches, multiple discontiguous words may be used instead of a single exact word. Each of this word has groups of significant positions separated by 'wildcard' positions that are not required to match. In addition, it is also possible to allow gaps in the primer alignments.

The main motivation for implementing reverse searching (called Reverse e-PCR) was to make it feasible to search the human genome sequence and other large genomes. The new version of e-PCR provides a search mode using a query sequence against a sequence database.

This program is retired upstream and it is suggested to use Primer-Blast

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

instead.

Етикети: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::checking, use::searching, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

Други пакети, свързани с ncbi-epcr

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, i386, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [не riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• sug: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

Изтегляне на ncbi-epcr

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	2.3.12-1-9	170,3 кБ	576,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	2.3.12-1-9	164,4 кБ	496,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.3.12-1-9	153,9 кБ	460,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2.3.12-1-9	143,5 кБ	416,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2.3.12-1-9	144,3 кБ	332,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	2.3.12-1-9	162,9 кБ	469,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2.3.12-1-9	172,0 кБ	512,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	2.3.12-1-9	185,2 кБ	844,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	2.3.12-1-9	162,0 кБ	488,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.3.12-1-9	162,7 кБ	594,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.3.12-1-9	167,5 кБ	692,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.3.12-1-9	167,9 кБ	692,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2.3.12-1-9+b1	165,3 кБ	423,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.3.12-1-9	153,5 кБ	496,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	2.3.12-1-9	173,4 кБ	455,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	2.3.12-1-9	146,5 кБ	487,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	2.3.12-1-9	163,0 кБ	468,0 кБ	[списък на файловете]