Пакет: bedtools (2.31.1+dfsg-2 и други)

[ Източник: bedtools  ]

suite of utilities for comparing genomic features

The BEDTools utilities allow one to address common genomics tasks such as finding feature overlaps and computing coverage. The utilities are largely based on four widely-used file formats: BED, GFF/GTF, VCF, and SAM/BAM. Using BEDTools, one can develop sophisticated pipelines that answer complicated research questions by streaming several BEDTools together.

The groupBy utility is distributed in the filo package.

Етикети: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Suite, Purpose: use::analysing, use::comparing, Data Conversion, use::filtering, works-with::biological-sequence

Други пакети, свързани с bedtools

• dep: libbz2-1.0 [не sparc64]

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.23) [sparc64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x, x32]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC support library

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Пакетът не е наличен

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614) [не sparc64]

  XZ-format compression library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не sparc64]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [не sparc64]

  compression library - runtime

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [sparc64]

Изтегляне на bedtools

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	2.31.1+dfsg-2	608,1 кБ	2 458,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	2.31.1+dfsg-2	661,8 кБ	2 106,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2.31.1+dfsg-2	574,4 кБ	2 006,0 кБ	[списък на файловете]
armel	2.31.1+dfsg-2	547,2 кБ	1 817,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	2.31.1+dfsg-2	564,5 кБ	1 313,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	2.31.1+dfsg-2	621,0 кБ	1 976,0 кБ	[списък на файловете]
i386	2.31.1+dfsg-2	727,9 кБ	2 301,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	2.31.1+dfsg-2	796,8 кБ	4 272,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	2.31.1+dfsg-2	623,5 кБ	2 045,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2.31.1+dfsg-2	582,9 кБ	2 599,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2.31.1+dfsg-2	658,7 кБ	2 710,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2.31.1+dfsg-2	664,1 кБ	2 518,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2.31.1+dfsg-2+b2	644,0 кБ	1 603,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2.31.1+dfsg-2	646,6 кБ	2 162,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	2.31.1+dfsg-2	752,8 кБ	1 942,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	2.26.0+dfsg-5	460,9 кБ	1 898,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	2.31.1+dfsg-2	665,9 кБ	2 001,0 кБ	[списък на файловете]